En el año 1926, durante el gobierno del Dr. Eligio Ayala, se decidió la contratación de la Misión Militar Francesa, creándose un “Centro de Perfeccionamiento Militar”, el cual se constituyó en el antecesor de la “Escuela de Aplicaciones”, que funcionó por primera vez en la antigua Escuela Militar.

A partir de entonces, diferentes circunstancias impidieron su funcionamiento. La inestabilidad de la política interna y el inminente conflicto internacional con Bolivia.
 
De este modo, se llegaba al conflicto con Bolivia con poca preparación en la ciencia militar, no obstante la estirpe de la raza guaraní, guerrera por naturaleza, ya lo había demostrado en la guerra contra la Triple Alianza, donde la nación entera defendiera nuestra patria hasta derramar la última gota de sangre, contando en sus filas a heroicos combatientes, de todas las edades, entre niños y ancianos para defender nuestra heredad.

 Sin embargo, las pérdidas humanas y materiales podrían haber sido menos, si contáramos con oficiales profesionales preparados para el efecto, fundamentalmente en la doctrina para la guerra.

Luego de varios intentos, en el año 1940 se llegó a crear la soñada “Escuela de Aplicaciones para Oficiales de las Fuerzas Armadas de la Nación” (EAFA), cuya denominación más adelante fue alterada ante los cambios doctrinarios introducidos a las Fuerzas Armadas pasando a denominarse “Escuela de Perfeccionamiento de Oficiales de las Fuerzas Armadas” (EPOFA), cuya responsabilidad abarcaba a todas las Fuerzas Armadas.

Sus bases fundamentales fueron entre otros la creciente necesidad de contar con Oficiales perfeccionados para las organizaciones militares, especialmente los cuerpos de tropas y la preparación intelectual de los Capitanes para su posterior ingreso a la Escuela Superior de Guerra.

Finalmente, el 16 de octubre de 1940, oficialmente fue creada la institución con la denominación de “Escuela de Aplicaciones de las Fuerzas Armadas”, bajo la orientación de algunos Oficiales franceses contratados para el efecto.

Para el funcionamiento de la misma,  entre otros, se establecieron   algunos objetivos,  como  la de perfeccionar los conocimientos a los SS.OO. Capitanes, a fin de practicar y especializarse en las tareas de instructores - educadores,  para luego desempeñarse en los cuerpos de tropas y preparase para el ingreso en la Escuela Superior de Guerra.

La situación reinante de la época no era la mejor   por  el conflicto militar que comenzó en 1939 como   un desafío   bélico europeo entre   Alemania   y   la   coalición   franco-británica que se extendió afectando a la mayoría de las naciones del planeta, cuya conclusión en 1945 dio como resultado el nacimiento  de  un  nuevo  orden    mundial dominado  por  los  Estados  Unidos  de América y la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas (URSS).

En este contexto, a pesar de la dificultad que se tuvo en la especialización de los cuadros de   las Fuerzas Armadas por la inestabilidad política interna dominante, el Paraguay declaró la guerra a Alemania y Japón, el 7 de febrero de 1945 bajo la presidencia del Gral. Higinio Morínigo.
 
Terminada la Segunda Guerra Mundial, cambió el escenario político militar regional y mundial.
A partir  del año 1946, nuestras Fuerzas Armadas pasó a recibir los asesoramientos de Brasil y Estados Unidos de América.

Nuevamente la preparación de los Oficiales fueron abruptamente interrumpidas al estallar la Guerra Civil en 1947, pero a partir de 1949 las actividades académicas fueron normalizadas.

A partir de 1954, bajo la presidencia del Gral. Alfredo Stroessner, se introdujeron algunas reformas en la preparación profesional de los Oficiales del Cuadro Permanente y de la reserva, muchos de los oficiales fueron enviados becados.

En el año 1980, con la creación del Comando de Institutos Militares de Enseñanza del Ejército (CIMEE), la institución pasa a denominarse Escuela de Perfeccionamiento de Oficiales del Ejército (EPOE), cuya responsabilidad se redujo exclusivamente al perfeccionamiento de los SS. OO. del Ejército y pasa a formar parte del CIMEE, órgano militar que se encarga de agrupar todas las Instituciones de enseñanza del Ejército.

En virtud a la Ley Nº 2.435 del 10 de agosto de 2004, la institución pasa a la categoría de Instituto Superior de Educación, la cual habilita a los Oficiales perfeccionados que reúnen los requisitos exigidos por el Instituto Superior de Educación (CIMEE) a otorgar titulo de Postgrado de Maestría en Operaciones Militares.

La Escuela de Perfeccionamiento de Oficiales del Ejército (EPOE), sigue cumpliendo cabalmente su objetivo de preparar a Oficiales en los conocimientos doctrinarios para el ejercicio del mando de Comandante de Unidad y componentes de Plana Mayor.

Como Institución de Enseñanza Superior, la Escuela de Perfeccionamiento es una escuela de pensamiento, un laboratorio para la investigación de las operaciones militares.
 
Debido a la necesidad de conformar una Fuerza Armada respetable en cantidad y calidad, el gobierno de los años 20 tuvo la misma preocupación de organizar y preparar profesionales de las armas para su probable empleo, por la situación de nuestro país, que se encontraba constantemente amenazado por sus vecinos, especialmente por motivos limítrofes.

El propósito original por el cual fue creada la Escuela de Aplicaciones de las Fuerzas Armadas en cierta manera se mantiene a través del tiempo, que consistía en perfeccionar los conocimientos de los SS.OO. Capitanes para desempeñarse en los cargos hasta nivel de Unidad y formar parte de las Planas Mayores, además formar un antecedente de la capacidad de rendimiento del Oficial para acceder a los cursos superiores de la Escuela de Comando y Estado Mayor del Ejército y la de Altos Estudios Estratégicos.

Actualmente el propósito fundamental de la EPOE, órgano de trascendental importancia en la especialización de los SS.OO. del Ejército en las operaciones militares con énfasis a la administración táctica del personal y administración de recursos, para el ejercicio de funciones de Comandante de las Unidades de Combate, Apoyo de Combate y Apoyo del Servicio de Combate del Ejército en el escalón Unidad y desempeñarse como miembro de sus respectivas Planas Mayores, que luego a razón de su grado y merito serán llamados por la Escuela de Comando y Estado Mayor en pos de su proyección en la carrera para formar parte de los Estados Mayores y los Comandos Superiores.

Ciertamente su currículo, especialmente sus planes de estudios, programas y sistema de admisión han ido variando debido a las exigencias y los adelantos científicos tecnológicos que percibe nuestras Fuerzas Armadas dentro del contexto regional y global, conforme a la problemática que experimenta la sociedad en su acelerado desarrollo.